債務超過会社を消滅会社とする合併は、旧・商法では「資本充実の原則」に反するとして認められていませんでした。
このため、時価債務超過会社に実態に疑問のある営業権を計上することにより債務超過状態を改善して合併したり、時価債務超過会社を吸収合併存続会社とし時価債務超過会社でない会社を吸収合併消滅会社とする「逆さ合併」などが行われたりしていました。

しかし、会社法では資本充実の原則の実効性が疑問であることや、企業結合会計基準による会計処理において簿価引継が適用される場合があることなどを考慮し、債務超過でも所定の手続きを経れば債務超過会社を消滅会社とする吸収合併が可能です。

ただし、債務超過会社との合併は、株主にとっては特殊な合併であるため、承継債務額が承継資産額を超える場合と、交付する金銭等(吸収合併存続会社株式等を除きます)の帳簿価額が承継資産額から承継債務額を控除した額を超える場合には、合併契約承認総会においてその旨を説明すべきものとされています。